silva做菌种鉴定

silva做菌种鉴定

简介:

??? SILVA一词起源于拉丁文silva(意为forest),它是一个包含三域微生物(细菌、古菌、真核)rRNA基因序列的综合数据库,其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列(简称SSU,即16S18SrRNA)和大亚基rRNA基因序列(简称LSU,即23S28SrRNA)。目前其最新数据库版本为SILVA SSU andLSU databases 128,更新时间为2016年9月29日,最新版本数据库包含的数据信息见下表1所示。

1?SILVA SSU andLSU databases 128数据库基本参数信息

?

SSU参考序列

SSU非冗余参考序列

LSU总序列

LSU参考序列

版本

128

128

128

128

总序列

1,922,213

645,151

735,238

154,297

细菌

1,719,541

552,377

176,194

130,965

古菌

64,390

24,315

1528

1271

真核

140,020

68,996

557,769

22,105

可培养

36,747

36,747

24,664

8232

模式株

22,334

22,334

5809

4675

????因为SILVA数据库更新比较及时,因此是目前rRNA基因高通量测序后最常选用的参考数据库之一。此外,SILVA也可被用于平时菌种鉴定时,对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定,此时主要用其SINA Alignment Service功能(https://www.arb-silva.de/aligner/),可非常方便地确定某条rRNA基因序列从门到属/种水平的分类信息并给出各分类水平相应的置信度。

主页:

???https://www.arb-silva.de/


菌种鉴定方法:

1.选择序列搜索。

attachments-2019-09-9o9ikvL75d8460322e1f0.png

2.输入fasta格式的序列


attachments-2019-09-gkVee0DP5d845f717095d.png

3.搜索结果如下,可将结果导出,方便查看。


attachments-2019-09-vb6PpVUs5d84600b516da.png




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