多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制
蛋白质分析，经常要分析蛋白质的保守结构域，通常要展示多序列比对结果才能说明不同序列间的保守性；看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果；今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图：
1. 获得蛋白质序列
这里我直接在NCBI上搜索一下WRKY基因家族基因的蛋白质序列来进行后续的分析演示，获取方法如下图所示，搜索之后随机勾选几个基因，然后把序列下载下来，下载方法如下图所示：
2. 多序列比对
下载下来的序列首先要进行多序列比对，我们采用MEGA软件里面的clustalw来进行多序列比对。操作方法如下：打开MEGA软件，然后点击align新建一个比对，注意选择蛋白质，具体步骤如下所示：
然后，把上一步下载的fasta文件导入到MEGA，之后就可以点击W，也就是clustalW软件来做多序列比对，基因少的话，这步很快就能完成：
比对完成之后，就可以导出fasta格式的比对结果文件：
3. geneDoc软件分析基因保守结构域
geneDoc软件的下载地址：https://github.com/karlnicholas/GeneDoc，这个软件的安装十分简单，双击一直下一步就可以完成安装，这里就不赘述了；安装好了软件打开；然后就可以导入比对好的序列，注意对于fasta的比对结果，这里采用file->import的方式导入比对文件，如下所示：
导入之后，就可以得到文章开头的图片了：
4. 编辑美化结果：
圆圈1处，可显示和不显示相似按钮，圆圈2处为调出设置对话框：
不同的显示模式：横排不同的字母按钮为不同的显示模式，下图为H彩色显示模式，很容易我们就发现了WRKY基因的保守结构域部分：
怎么样？这样看起来就漂亮多了吧！自己赶快来试试吧！
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- 发表于 2018-10-19 10:07
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- 分类：软件工具
