遇到这个问题，应该首先检查文件路径是否写错，文件格式总染色体基因ID是否统一；
如果以上检查都没有问题：可能是windows和linux系统编码的问题导致的，在linux中换行符一般是\n 而在windows中是\r
因此为了统一，应该统一编码UTF-8 千万不要用记事本：http://www.omicsclass.com/article/395
或者查看一下，gff文件是不是用tab分开的列，注意空白的地方不要有空格；
5 mcscanX 绘制共线性圈图报错family_circle_plotter
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命令如下：
sudo?java?family_circle_plotter?-g?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/mcscan/Ib.gff?-s?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/mcscan/Ib1.collinearity?-c?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/family.ctl?-f?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2_family.txt?-o?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2.PNG
报错截图：
输入文件截图：
路径检查：
