5 mcscanX 绘制共线性圈图报错family_circle_plotter



命令如下:

sudo?java?family_circle_plotter?-g?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/mcscan/Ib.gff?-s?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/mcscan/Ib1.collinearity?-c?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/family.ctl?-f?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2_family.txt?-o?/home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2.PNG

报错截图:

attachments-2019-09-nlLZFS8j5d7233687aa2e.jpg

输入文件截图:


attachments-2019-09-IC2iZKLF5d7233833318c.jpg

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路径检查:


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,倍投买彩票一定稳赚吗组,GWAS

遇到这个问题,应该首先检查文件路径是否写错,文件格式总染色体基因ID是否统一;

如果以上检查都没有问题:可能是windows和linux系统编码的问题导致的,在linux中换行符一般是\n 而在windows中是\r

因此为了统一,应该统一编码UTF-8 千万不要用记事本:http://www.omicsclass.com/article/395


或者查看一下,gff文件是不是用tab分开的列,注意空白的地方不要有空格;